Terwujudnya kader Muhammadiyah yang religius dan cendekia.
MISI :
Untuk mencapai visi tersebut, MTs Muhammadiyah Jayapura mengembangkan misi sebagai berikut:
1. Menyiapkan tenaga pendidik yang mumpuni.
2. Menyiapkan pembelajaran yang aktif, kreatif dan inovatif.
3. Membiasakan perilaku baik pada peserta didik
4. Menyediakan sarana prasarana yang memadai
TUJUAN :
Mewujudkan peserta didik yang berakhlak karimah, berdaya saing dan menguasai dasar-dasar IPTEK.